Расследование уголовного дела в отношении экс-чиновниц и их сообщников Главное следственное управление СК РФ завершило в середине декабря 2021 года. В начале апреля 2022 года дело поступило на рассмотрение в суд.
По версии следствия, инициатором предполагаемого мошенничества являлся Алексей Власенко, который, имея обширные связи в госструктурах, в 2013 году якобы решил заработать на совместной программе Минпромторга и Минздрава «Фарма-2020». По этой программе выделялись миллиарды рублей для приобретения «сырых» импортных препаратов для их доработки и внедрения в производство в России.
Следователи считают, что Алексей Власенко обратился к Владимиру Зубкову, контролировавшему «Фармдискавери», и сообщил, что сможет добиться победы для этой группы компаний в конкурсе на участие в трансферах по приобретению лекарств. Зубков, посовещавшись с соучредителями «Фармдискавери» Владимиром Новаковским и Артемом Вашуровым, якобы согласился с предложением Власенко.
Затем, полагают в СК, Власенко связался с руководителем департамента Минпромторга Ольгой Колотиловой и за вознаграждение предложил ей обеспечить компаниям группы «Фармдискавери» – «Цареброфарм», «Ист Стар Фарм» и «Конженикс» – получение прав на проведение трансферов. Колотилова, уверены следователи, согласилась, вместе со своим заместителем Ольгой Покидышевой допустила аффилированные с «Фармдискавери» компании к внутриминистерским тендерам и обеспечила им победу. В результате на протяжении 2013-2014 годов эти компании получили 450 млн рублей из средств госпрограммы.
В СК утверждают, что ни один из контрактов не был исполнен, а деньги присвоены фигурантами. Экс-чиновницы вину не признают. Они считают, что версия следствия не подтверждается фактами: у Колотиловой и Покидышевой не обнаружили ценных подарков или незадекларированных средств на счетах.
Владимир Новаковский и Владимир Зубков признали вину и дали показания на остальных фигурантов, в том числе сообщив об участии в мошеннической схеме Ольги Покидышевой и Ольги Колотиловой. Это обстоятельство позволило Новаковскому заключить досудебное соглашение с прокуратурой. Его дело было выделено в отдельное производство.
Владимир Зубков, также признававший вину, соглашение заключить не успел, он умер в СИЗО летом 2021 года (еще до окончания следственных действий). Однако его супруга посчитала, что дело в отношении умершего прекращать не стоит, поскольку есть шанс на оправдание, в связи с чем имя Зубкова до сих пор фигурирует в списке участников процесса (его интересы представляет адвокат).
В конце апреля 2022 года в Мещанском районном суде удовлетворили ходатайство части защитников о направлении дела по подсудности в Таганский район, на территории которого находился счет Минпромторга, с которого, по данным уголовного дела, были похищены денежные средства. Судья до 6 октября 2022 года продлил арест всем подсудимым и отклонил просьбы адвокатов о направлении уголовного дела в прокуратуру. Однако это решение не устроило прокуратуру, которая в поданном в Мосгорсуд апелляционном представлении указала, что счет Минпромторга, с которого переводились денежные средства компаниям «Фармдискавери», находился в банке, расположенном в территориальной подсудности Мещанского суда. Подали жалобы и адвокаты: они настаивали на возвращении дела в прокуратуру и переводе фигурантов под домашний арест.
В итоге Мосгорсуд удовлетворил представление прокурора о возвращении дела в Мещанский суд для рассмотрения по существу, но в ином судейском составе. Дело Новаковского, выделенное в отдельное производство, тоже было перенаправлено в апреле в Таганский райсуд. Прокуратура опротестовала и это решение, но Мосгорсуд возражение еще не рассмотрел.