Компания Complete Genomics располагает собственным оборудованием для секвенирования человеческого генома. (фото: COMPLETE GENOMICS (CGI))
Американская компания Complete Genomics обрела известность в 2009 г. после того, как начала заниматься секвенированием геномов. Но несмотря на то, что разработанный Complete Genomics метод секвенирования позволяет считывать информацию о целом человеческом геноме с минимальным числом ошибок, деятельность компании не приносила ей коммерческой выгоды: только за 2011 г. компания потеряла около 72,3 млн. долларов США. Однако недавно китайский геномный центр BGI приобрел активы компании Complete Genomics, обеспечив ее существование на рынке.
Семнадцатого сентября 2012 г. компания BGI объявила о своем согласии на слияние с находящейся в бедственном положении калифорнийской компанией Complete Genomics и сообщила, что на покупку акций будет потрачено 117,6 млн. долларов США. Слияние компаний одобрил не только совет директоров Complete Genomics, но также специалисты, проводящие исследования в области геномики, которые ранее были обеспокоены проблемой снижения количества фирм, занимающихся секвенированием, и ограничением выбора возможных исполнителей подобного исследования.
«Если Complete Genomics разорится, то компания Illumina станет монополистом в своей сфере», — сказал Майкл Шнайдер (Michael Snyder), директор Стэндфордского Центра Геномики и Персонализированной Медицины в Пало Альто в Калифорнии (Stanford Center for Genomics and Personalized Medicine, США). Основную часть продукции, выпускаемой в мире для секвенирования, составляет оборудование, производимое компанией Illumina (Сан-Диего, США). По словам Шнайдера, сохранение конкуренции в индустрии обеспечит низкие цены на услуги и товары в области геномики и совершенствование технологий секвенирования.
Как и Complete Genomics, компания BGI больше ориентирована на продажу услуг по секвенированию, чем на оборудование и реагенты для геномного анализа. Однако если работа BGI непосредственно зависит от приборов, выпускаемых компанией Illumina, то компания Complete Genomics располагает собственным оборудованием и компьютерным обеспечением, которое специализировано на секвенировании целого человеческого генома.
Несмотря на то, что сравнивать постоянно меняющиеся технологии секвенирования довольно сложно, в 2011 г. компании Complete Genomics и Illumina проанализировали геном одного и того же человека, и оказалось, что, несмотря на то, что тест, проведенный Complete Genomics, выявил меньшее число вариантов последовательности ДНК по сравнению со стандартным референсом, он был более точным [1]. В июле компания Complete Genomics описала метод, который снижает количество ошибок при секвенировании генома до 1 ошибки на 10 млн. пар оснований [2]. Кроме того, метод требует меньшего количества генетического материала, чем необходимо для осуществления других методов секвенирования, и он позволяет различить фрагменты ДНК, унаследованные ребенком от отца и матери. Можно установить, например, произошли ли мутации в одной или сразу в двух копиях гена, и, следовательно, определить, есть ли у обследуемого человека риск развития определенных заболеваний, или он просто является носителем ассоциированных с болезнью мутаций.
Генетик Томас Барбер (Thomas Barber) из американской компании EliLilly, одновременно сотрудничавший с компаниямиBGI и Complete Genomics, считает, что наибольшее значение для развития этой индустрии будут иметь интерпретация и анализ результатов секвенирования генома. Сделка, совершенная компанией BGI, означает, что ученые продолжат получать выгоду от преимуществ свободной конкуренции между компаниями, занимающимися секвенированием. Объединение двух компаний под одним руководством должно повысить их производственную мощность и конкурентоспособность.
По словам Аманды Мерфи (Amanda Murphy), аналитика из фирмы William Blair, инвестирующей в акционерный капитал, рынок, относящийся к компетенции Сomplete Genomics, стабильно растет. Большинство методов секвенирования человеческого генома до сих пор были направлены на анализ экзома, составляющего приблизительно 1,5% от всего генома, кодирующего белки. Однако недавно запущенный проект ENCODE [3] и другие исследования раскрывают функцию участков генома, не кодирующих белки. «Научный мир движется в сторону секвенирования всего генома», — говорит Мерфи. По ее мнению, компания Complete Genomics начала представлять свои услуги слишком рано – до того момента, когда на них возник спрос.
Сейчас потребность на оказание услуг по секвенированию растет. Многие исследователи хотят использовать данные геномного анализа, при этом не неся затрат на экспертизу и оборудование. Даже крупные учебные центры, занимающиеся секвенированием, часто имеют гораздо больше проектов в этой области, чем это позволяют их возможности.
Главным недостатком метода, применяемого компанией Complete Genomics, является то, что секвенирование одного генома может занять от 2 до 3 месяцев, что препятствует его использованию в медицинских целях. В перспективе технология станет более быстрой. Питер ван дер Спек (Peter van derSpek), возглавляющий кафедру биоинформатики в Медицинском Центре Эрасмуса (Erasmus Medical Center, Нидерланды), обеспокоен тем, что после смены руководства компании разработка инновационной технологии секвенирования замедлится. Однако, по словам пресс-секретаря компании BGI, научные сотрудники, работающие в компании Complete Genomics в настоящее время, сохранят свои должности и продолжат совершенствовать метод секвенирования.
По словам Ричарда Гиббса (Richard Gibbs), директора Центра Секвенирования Человеческого Генома при Медицинском Колледже Бейлора (Human Genome Sequencing Center at Baylor College of Medicine, США), лучше располагать несколькими методами секвенирования. «Если бы у нас была только одна методика и один прибор для секвенирования, изменения бы происходили, но не так быстро».
Оригинальная статья: Nature 489, 485–486 (27 September 2012) doi:10.1038/489485a
Загрузка...